Probiotiques

Schulze, A.D., Alabi, A.O., Tattersall-Sheldrake, A.R. et K.M. Miller. 2006. Diversité bactérienne dans une écloserie en milieu marin : un équilibre entre les souches bactériennes pathogènes et possiblement probiotiques. Aquaculture. Sous presse

• Morphologie cellulaire

Résumé

Les écloseries aquatiques contiennent plusieurs communautés microbiennes constituées de bactéries pathogènes, inoffensives et bénéfiques. Pour obtenir un milieu d’élevage fécond, il serait peut être important d’arriver à maintenir l’équilibre de cette microflore. Dans le présent projet, nous avons entrepris des travaux pour recenser la diversité bactérienne présente dans une écloserie marine de la Colombie Britannique, dans laquelle on élève à la fois des espèces de poissons, de mollusques et de crustacés. Les souches bactériennes ont été mises en culture et prélevées à partir d’un grand nombre de micro algues et d’espèces de mollusques et de crustacés, de même que d’une espèce de poisson de mer (morue charbonnière) élevée dans l’écloserie. En outre, plusieurs isolats de bactéries ont été prélevés à partir d’un mollusque sauvage bivalve utilisé comme géniteur (panope du Pacifique et huitre) et trouvé dans les eaux et les sédiments environnants, et à partir de macro algues recueillies sur le terrain. La caractérisation s’est limitée aux bactéries que l’on pouvait mettre en culture, car le but ultime du projet était d’identifier les souches bénéfiques pouvant éventuellement servir de probionts dans le futur. Sur les 598 isolats de bactéries mis en culture, 172 phylotypes uniques ont été identifiés à l’aide d’un génotypage réalisé en faisant migrer l’ADN ribosomal 16S dans un gradient de gel dénaturant. Après avoir séquencé 60 % des phylotypes uniques, nous avons identifié 112 souches ou espèces de bactéries différentes. Nous avons établi que 22 % des souches bactériennes étaient omniprésentes dans l’éclosion et le milieu marin et qu’elles ont été trouvées chez trois espèces au minimum. Des bactéries possiblement pathogènes ont été identifiées selon leur souche, leur capacité à lyser les globules rouges ou leur fréquence chez les individus moribonds. Seize des souches identifiées étaient des bactéries pathogènes connues trouvées chez le poisson ou le mollusque. Il a été établi que 6 souches étaient des bactéries pathogènes chez l’humain. Une proportion de 57 % des isolats de bactéries testés était hémolytique, et 23 % provenaient de larves moribondes ou mortes. Par ailleurs, on a déterminé que Vibrio logei, une espèce bactérienne luminescente symbiotique trouvée chez de nombreuses espèces de mollusques, était une bactérie possiblement pathogène pour la larve de panope du Pacifique.